小舞蹈病需要与抽动秽语综合征、亨廷顿舞蹈病、肝豆状核变性、习惯性痉挛等疾病进行鉴别。

1、抽动秽语综合征：该病也常见于儿童，临床表现为突然、快速刻板的肌肉抽动，常累及多组肌肉，还有较特异性的爆发性发怪声或吐脏话。可通过临床表现鉴别诊断。

2、亨廷顿舞蹈病：患者好发于30-50岁的中年人，是常染色体显性遗传病，可遗传。除类似的舞蹈动作，亨廷顿舞蹈病患者还有精神异常，可表现为记忆力下降、顺行性遗忘、痴呆、智力下降等。

3、肝豆状核变性：患者多在青少年时起病，有家族遗传史。可表现有舞蹈样不自主动作，但起病缓慢，进行性加重，有癫痫发作、震颤等神经精神症状，以及恶性呕吐、腹胀、黄疸等消化系统症状。血清铜蓝蛋白下降低于正常值等指征可帮助诊断。

4、习惯性痉挛：其特点是局限于同一个肌肉或肌群的刻板样重复动作，与小舞蹈病相比无风湿病典型症状，无肌力、肌张力异常及共济失调等。