引起短肠综合征的原因包括急性肠扭转、肠系膜血管病变、克罗恩病、肠道原发或继发性肿瘤、先天性畸形、坏死性小肠结肠炎等，具体如下：

1、急性肠扭转：急性肠扭转时，由于肠系膜呈顺时或逆时钟方向扭转360°甚至720°，致肠管血供受阻、肠管缺血、坏死，从而导致短肠综合征。

2、肠系膜血管病变：肠系膜上动脉栓塞、肠系膜上动脉血栓形成、肠系膜上动脉瘤、主动脉夹层、医源性肠系膜血管损伤、肠系膜上静脉血栓形成，都可导致小肠缺血及坏死，从而导致短肠综合征。

3、克罗恩病：慢性、易复发的肠道非特异性炎症导致肠梗阻、肠瘘及消化道大出血时常需行手术，做病段小肠切除以病情缓解，但数年后又会再发作而需再手术。多次的肠切除使大部分小肠丧失，最终产生短肠综合征。

4、肠道原发或继发性肿瘤：肿瘤切除术时行广泛小肠切除导致短肠综合征。

5、先天性畸形：先天性腹裂畸形、中肠旋转不良导致的小肠异位固定或异常扭转、小肠闭锁和肠狭窄、神经节细胞缺乏症均可导致短肠综合征。

6、坏死性小肠结肠炎：累及全小肠的坏死性小肠结肠炎，手术治疗切除病变小肠导致短肠综合征。

7、腹部外伤：腹部外伤手术时切除过多小肠导致短肠综合征。

8、放射性肠炎：出现穿孔、坏死后手术治疗时切除过多小肠导致短肠综合征。