短肠综合征需要与细菌性痢疾、胃源性腹泻、肝胆源性腹泻进行鉴别，从而采取针对性治疗。

1、细菌性痢疾：是由志贺菌属感染所引起的一种肠道传染病。主要表现为发热、腹痛、腹泻、里急后重、黏液血便，根据大便培养及药敏实验结果可治愈。患者一般无肠道手术史，可鉴别。

2、胃源性腹泻：主要临床表现为腐败性消化不良，在晨起或餐后排便次数增多，呈深褐色，带泡沫，糊状便多于水样便，排气量多，具有刺鼻的恶臭，多不伴腹痛，口服稀盐酸或胃蛋白酶合剂疗效显著有助于鉴别诊断。

3、肝胆源性腹泻：见于长期胆汁淤积性黄疸、重症肝炎、肝硬化门脉高压、肝癌患者；为脂肪泻，伴有纳差、消化不良、恶心、呕吐等症状；通过各种实验室检查及影像学检查，可做出鉴别诊断。