短肠综合征的治疗原则是需要补充营养和纠正水、电解质紊乱和酸碱失衡及防止营养支持的并发症，供给肠内营养以获得残留小肠的最佳代偿，肠外营养主要是补充肠内营养的不足。主要方法有药物治疗和手术治疗。

一、药物治疗

常见药物：生长抑素、洛哌丁胺

1、生长抑素：抑制消化液的分泌，控制腹泻，可产生恶心、眩晕、脸红等不良反应，孕妇禁用。

2、洛哌丁胺：肠动力抑制剂，孕妇尤其是妊娠前三月的孕妇慎用。不良反应包括头痛、便秘、肠胃胀气、恶心等。

二、手术治疗

1、小肠肠段倒置术：将一段小肠倒置吻合使倒置的肠管呈逆蠕动，能减慢肠运输和改变肌电活动，有利于营养物质的吸收。

2、结肠间置术：将结肠间置于空肠或回肠间，延长肠运输时间，效果不肯定。

3、小肠瓣或括约肌再造术：适用于广泛切除小肠同时又切除了回盲部的患者。

4、纵行小肠延长术：适合肠段扩张的患者特别是患儿，但有潜在的并发症如吻合处多发粘连及狭窄；

5、连续性横向肠成形术：其方法是每隔一定距离交替方向垂直肠管方向切开部分肠管并作吻合，保持肠道连续性并延长肠管长度。小肠移植术：是治疗短肠综合征最理想和最有效的方法，但由于小肠移植存在排斥率高、感染多而且重、移植肠功能差而且恢复缓慢等缺点，其成功率远远不及其他实质器官移植高，因而尚不能在临床广泛开展。