卡波西肉瘤需要与卡波西型血管内皮瘤、梭形细胞血管内皮瘤、淋巴管肉瘤相鉴别。

1、卡波西型血管内皮瘤：只发生于儿童和青少年，皮损组织病理表现同时有KS和毛细血管瘤两者的特征，具有特征性的肾小球样结构，但KS无肾小球样结构。

2、梭形细胞血管内皮瘤：主要见于青年，好发于四肢，病程极缓慢。镜下病变界限不清，由薄壁、充血的海绵状血管腔组成，并混杂比例不一、具有泡状核的梭型细胞。血栓形成是常见特征，免疫组化示梭形细胞血管内皮瘤实性区中的梭形细胞CD34(-)。而卡波西肉瘤病变中通常无海绵状血管腔系或空泡化上皮样细胞，卡波西肉瘤的梭形细胞中常见透明状包涵体，且免疫组化示梭形细胞CD34(+)。

3、淋巴管肉瘤：本病多发生于女性乳腺癌手术治疗后，皮损为蓝色或红色结节，组织病理检查为许多增生内皮的管腔，周围有淋巴细胞的灶性浸润，真皮内可有红细胞溢出。