肌纤维母细胞瘤的具体病因不明，可能与2p23染色体的ALK基因的重组有关，也可能与异常修复、EB病毒、单纯疱疹病毒感染等有关。

1、基因重组：2p23染色体的ALK基因的重组，使遗传信息发生改变，之后复制、转录、翻译出异常蛋白质，是正常细胞变异成肿瘤细胞。

2、异常修复、EB病毒、单纯疱疹病毒感染：异常修复会使相关蛋白质变性，进而促进肿瘤细胞的产生，而EB病毒和单纯疱疹病毒则会直接影响遗传物质，从而进一步使细胞癌变。