流行性脑脊髓膜炎的常见并发症包括弥漫性血管内凝血、继发感染、关节炎、其他脏器的迁徙灶、脑疝、、脑及周围组织因严重或粘连所致损害等。

1、弥漫性血管内凝血：是暴发型的严重并发症之一，凝血因子被激活后，在微循环内广泛形成微血栓导致血小板和凝血因子大量消耗及纤维蛋白溶解亢进，导致患者出现出血、休克、栓塞、溶血性贫血甚至多器官功能障碍综合征，如不及时治疗常导致死亡。

2、继发感染：患者因脑膜炎而出现神志改变，严重者甚至出现昏迷，长期卧床再加上神志改变等极易导致误吸，最后容易出现继发性肺炎，同时也易出现如尿路等继发其他部位的感染。

3、关节炎：成人多见，常单发，多为迟发性免疫反应引起，常发生在疾病的恢复期，多侵及大关节，以肘、膝、踝、腕关节最多，关节液呈无菌性改变。受累关节疼痛水肿及运动受限制，但很少发红，预后良好。

4、其他脏器的迁徙灶：败血症期细菌播散至其他脏器所致的化脓性病变，如中耳炎、化脓性关节炎、脓胸、心内膜炎、心肌炎、全眼炎、睾丸炎及附件炎。

5、脑疝：脑膜奈瑟菌侵犯脑膜，释放内毒素，可引起脑膜的化脓性炎症，颅内压升高，可引起脑水肿，严重时形成脑疝，脑疝形成前常先出现烦躁不安，剧烈头痛、呕吐、肢体发紧、血压升高、呼吸深快等前驱症状，尤其两侧瞳孔忽大忽小，提示脑疝即将形成。

6、脑及周围组织因严重或粘连所致损害：动眼神经麻痹、视神经炎、听神经及面神经损害、肢体运动障碍、失语、癫痫、脑脓肿等。