流行性乙型脑炎的常见并发症包括支气管肺炎、肺不张、败血症、尿路感染等。

1、支气管肺炎：最常见，发病率约10%，多因昏迷患者呼吸道分泌物不易咳出或应用人工呼吸器后而引起。典型症状为发热、咳嗽、呼吸急促，常伴有精神不振、食欲减退、烦躁不安、轻度腹泻或呕吐等症状。

2、肺不张：次常见，多因支气管腔内痰堵塞所致。胸闷、气急、呼吸困难、干咳等。肺不张会影响呼吸系统功能，严重影响生活质量。

3、败血症：因继发致病菌侵入血液循环，并在血中生长繁殖所致。临床表现一般为急性起病、寒战、高热、呼吸急促、心动过速，以及皮疹、关节肿痛、肝脾肿大和精神、神志改变等。严重者可出现休克、急性多器官功能障碍。

4、尿路感染：可能与导尿有关。主要症状为尿频尿急尿痛，膀胱或会阴部不适及尿道烧灼感。

5、褥疮：局部长时间受压所致。由于皮肤受损产生创面，会伴有不同程度的疼痛，严重者会影响正常的活动，影响生活质量；皮肤创面开放时，细菌容易入血引起感染，造成全身感染，甚至危及生命。