念珠菌病的并发症包括肺炎、心内膜炎、脑膜炎、念珠菌血流感染等。

1、肺炎：患者有咳嗽、低热、盗汗、呼吸困难、体重减轻，咳出黏胶痰且带血，X线呈肺门及支气管阴影增宽，或如栗粒结核样损害，严重广泛感染时可波及全肺叶致完全实变。

2、心内膜炎：患者出现发热、心脏杂音、充血性心力衰竭，贫血及脾大。

3、脑膜炎：较少见，由呼吸和消化系统病灶播散而来。患者出现头痛、颈项强直，部分患者出现食欲、偏瘫等。少数症状尚有颅内压升高、视乳头水肿等，甚至出现复视、耳鸣、眩晕，痴呆及昏迷等。

4、念珠菌血流感染：多出现于有潜在基础病，经长时间广谱抗生素治疗、糖皮质激素及免疫抑制剂治疗、化疗、留置导管等，其中3/4伴肿瘤或白血病，25%左右患者是由热带念珠菌所致。其可能出现发热、寒战、肾功能障碍等。