小儿腹泻病需要与生理性腹泻、细菌性痢疾、坏死性肠炎进行鉴别。

1、生理性腹泻：多见于6个月以内婴儿，生后不久即出现腹泻，除大便次数增多外，无其他症状，食欲好，不影响生长发育。近年来发现此类腹泻可能为乳糖不耐受的一种特殊类型，添加辅食后大便即逐渐转为正常。

2、细菌性痢疾：常有流行病学病史，起病急，全身症状重。便次多，量少，排脓血便伴里急后重，大便镜检有较多脓细胞、红细胞和吞噬细胞，大便细菌培养有志贺痢疾杆菌生长可确诊。

3、坏死性肠炎：中毒症状较严重，腹痛、腹胀、频繁呕吐、高热，大便暗红色糊状，逐渐出现典型的赤豆汤样血便，常伴休克。腹部立、卧位X线摄片呈小肠局限性充气扩张，肠间隙增宽，肠壁积气等。

4、婴儿过敏性直肠炎：是一种摄入外源蛋白所引起的暂时性，预后良好的疾病，发病平均年龄在2个月，多为纯母乳或合并混合喂养婴儿，表现为大便表面带有血丝，轻度腹泻（粪便含黏液／水样）或大便仍为软便。