新生儿败血症的并发症有休克、低氧血症、酸中毒等。

1、休克：感染严重时可出现感染性休克，出现皮肤花斑、血压下降、少尿、无尿等。

2、低氧血症：新生儿败血症常合并肺部感染，引起肺部气体交换障碍，导致低氧血症。表现为皮肤黏膜不同程度的发绀、血压下降、呼吸深快、烦躁不安、谵妄等。

3、酸中毒：败血症合并肺部感染，导致低氧血症，血液中二氧化碳分压增高，可引起呼吸性酸中毒、代谢性酸中毒或混合性酸中毒。

4、化脓性脑膜炎：新生儿血脑屏障发育不完全，细菌进入颅内，引起颅内感染，表现为嗜睡、激惹、抽搐、颅内压增高等表现。

5、坏死性小肠结肠炎：新生儿败血症细菌进入肠道引起肠道感染，导致肠黏膜损伤、缺血，最终导致坏死。常出现腹胀、呕吐、血便及全身症状（如反应差、精神萎靡、四肢湿冷等）。