新生儿呕吐需要与溢乳、新生儿化脓性脑膜炎、新生儿坏死性小肠结肠炎、贲门失弛缓症等疾病进行鉴别。

1、溢乳：患儿精神好，呕吐量不多，多为吃奶后呕吐，不影响生长发育，一般生后六个月可自行消失，通过体格检查和病史即可鉴别。

2、新生儿化脓性脑膜炎：多伴有神经系统异常，如烦躁、易激惹、尖叫、嗜睡等，出现颅内压增高时可伴有前囟紧张、饱满、喷射性呕吐，呕吐突然出现，脑脊液检查可见大量脓细胞。

3、新生儿坏死性小肠结肠炎：早产儿易得，主要的症状是腹痛、腹泻、呕吐等，通过X线平片检查，可以发现患儿有肠道胀气、肠壁囊样积气等。

4、贲门失弛缓症：间歇性吞咽困难，喂奶后会溢奶，体重增长缓慢，腹部透视可见食管扩张、贲门较小、食管蠕动的波纹较少，甚至没有。

5、先天性肥厚性幽门狭窄：最初仅是回奶，接着为喷射性呕吐，随着梗阻增加每次吃奶都会吐，呕吐物为黏液或者奶，无胆汁，查体可见胃蠕动波、触及幽门肿块等，超声检查或者钡餐检查可确诊。