婴儿肠炎需要与乳糖不耐受、牛奶蛋白过敏性、短肠综合征等疾病进行鉴别。

1、乳糖不耐受：由于肠道缺乏乳糖酶或者各种原因引起肠道乳糖酶活性减低所致，表现为食用含有乳糖制品，即可出现腹泻、腹痛、腹胀，严重者便血、影响身高体重增长，化验尿半乳糖测定，或者口服乳糖酶、无乳糖奶粉治疗有效，可明确症状。

2、牛奶蛋白过敏性：属于牛奶蛋白过敏的消化道症状，腹泻、便血，还可伴有湿疹、过敏性鼻炎等症状单一或者伴随出现，可进行过敏原检查等可明确，需更换为氨基酸或者深度水解蛋白奶粉治疗。

3、短肠综合征：多见于婴儿肠道畸形或者肠坏死行截肠术后，表现为腹泻、水电解质紊乱营养不良等。此类儿童多有明确截肠手术史，结合临床表现、大便检查，可进行鉴别。