畸胎瘤需要与卵巢巧克力囊肿、肾母细胞瘤、睾丸鞘膜积液等疾病进行鉴别诊断。

1、卵巢巧克力囊肿：为卵巢子宫内膜异位症，多发生于年轻育龄女性，表现为继发性痛经进行性加重。可通过下腹部的B超检查进行鉴别；

2、肾母细胞瘤：患者主要表现为腹部包块，少数会有腹痛、、呕吐、食欲减退等症状。可通过腹部平片和静脉肾盂造影进行鉴别，也可通过肿瘤穿刺活检，发现典型的肿瘤细胞明确诊断；

3、睾丸鞘膜积液：患者常出现阴囊内或腹股沟区的囊性肿块，与睾丸畸胎瘤表现相类似。可通过透光试验进行鉴别，睾丸鞘膜积液透光阳性，睾丸畸胎瘤透光试验阴性。