慢性间质性肾炎需要与慢性肾小球肾炎、急性间质性肾炎、慢性肾盂肾炎相鉴别。

1、慢性肾小球肾炎：慢性肾小球肾炎常有水肿、高血压等症状，而慢性间质性肾炎则无。慢性肾小球肾炎常有较大量蛋白尿(大于1.5g/d)且为肾小球性，有各种管型尿；而慢性间质性肾炎早期一般仅有轻度蛋白尿，且为肾小管性，尿沉渣常仅有少量白细胞。慢性肾小球肾炎肾小球功能损害较明显，往往要到病程后期才出现肾小管功能不全。

2、急性间质性肾炎：是由多种病因引起、急骤起病，以肾间质水肿和炎性细胞浸润为主要病理改变。多表现为皮疹、发热、嗜酸性细胞增多，血尿、蛋白尿等，常发生于对药物过敏的患者。

3、慢性肾盂肾炎：是由反复发作或持续存在的肾脏感染所引起的肾损伤，常有肾区酸痛或胀痛，在站立或劳累后加重、疲乏、全身无力、恶心、呕吐、尿频、尿急等症状。可通过尿常规、影像学检查以及肾功能检查相鉴别。