扁桃体角化症需要与隐窝性化脓性扁桃体炎、扁桃体结石、慢性扁桃体炎、扁桃体肿瘤、扁桃体生理性肥大进行鉴别。

1、隐窝性化脓性扁桃体炎：扁桃体隐窝内病菌感染所致的化脓性炎症，大多起病急、咽痛明显，伴有高热、畏寒等症状，易反复发作，可诱发多种全身性疾病，咽拭子检查患者扁桃体脓性分泌物。

2、扁桃体结石：常无特殊症状或有轻度慢性扁桃体炎症状，当隐窝有感染时，可出现咽痛不适、吞咽困难、反射性耳痛、口臭等症状，用探针检查可能触及隐窝内有坚硬的结石。

3、慢性扁桃体炎：患者常有咽痛，有感冒及急性扁桃体炎发作病史，平时多无明显自觉症状，可有咽内发干、发痒、异物感、刺激性咳嗽等轻微症状。若扁桃体隐窝内潴留干酪样腐败物或有大量厌氧菌感染，则出现口臭，扁桃体和舌腭弓呈慢性充血，黏膜呈暗红色。

4、扁桃体肿瘤：一侧扁桃体迅速增大或扁桃体肿大并有溃疡，常伴有同侧颈淋巴结肿大，需行活检确诊。咽部常有阻塞感、异物感、不典型的扁桃体炎、单侧咽痛、伴有单侧扁桃体肿大、口臭等。

5、扁桃体生理性肥大：多见于小儿和青少年，无自觉症状，扁桃体光滑、色淡，隐窝口清洁，无分泌物潴留，与周围组织无粘连，触之柔软，无反复炎症发作病史。