肠系膜脂膜炎要与胃平滑肌瘤、肠系膜水肿、淋巴瘤相鉴别，通过临床表现和影像检查可鉴别。

1、胃平滑肌瘤：胃平滑肌瘤的诊断除临床上出现上消化道出血、腹痛、腹部包块者，应疑及本病外，主要依靠X线及胃镜检查判断，X线检查可见孤立，圆形或椭圆形的充盈缺损，肿瘤周围黏膜正常，充盈缺损区有龛影，所以可通过影像学检查鉴别。

2、肠系膜水肿：肠系膜水肿继发于系统性疾病，水肿通常呈弥漫性，并且常与皮下水肿及腹腔积液并存，病变可从小肠的浆膜表面一直延伸至肠系膜根部，也可从影像学区别诊断。

3、淋巴瘤：对于淋巴瘤，MRI扫描有助于检测已扩散到脊髓或大脑的淋巴瘤，对身体的其他部位也有帮助，例如头部和颈部区域。组织病理学的诊断是诊断淋巴瘤的金标准，只有通过活检病理组织的检查得到病理学的诊断，才能够确诊为淋巴瘤。