先天性膈疝的治疗方法包括药物治疗和手术治疗，具体如下：

一、药物治疗

1、促动力药：常用药物有莫沙必利和伊托必利，通过刺激肠肌间神经元，促进胃肠平滑肌蠕动，促进小肠和大肠的运转，可长期间歇使用。

2、制酸药物：加强胃排空，防止食管炎的发生。

3、肠道微生态制剂：部分便秘病人，其结肠菌群会消化更多的纤维，使粪便量减少，常用的微生态制剂有双歧三联活菌、乳酸菌素片、酪酸菌片等。

二、手术治疗

1、疝修补术：将疝囊回纳腹腔，局部用人工合成的网片进行修补缺损，修骨腹沟管后壁。

2、肛管排气：在肛管上涂抹润滑剂，缓慢的从肛门插入直肠，由于局部润滑剂的作用，可以促进直肠内粪便、分泌物的排出，从而使肛管内的气体排出体外。

3、胃肠减压：将胃管自口腔或鼻腔插入，通过胃管将积聚于胃肠道内的气体及液体吸出。