肝脓肿治疗方法主要有药物治疗、手术治疗、中医治疗等。细菌性肝脓肿主要采取抗生素联合经皮肝穿刺脓肿置管引流术。阿米巴肝脓肿以药物治疗为主，对于脓腔较大、经抗阿米巴治疗脓腔无明显缩小，全身症状明显或怀疑合并细菌感染者均应行手术治疗。

一、药物治疗

常见药物：甲硝唑、替硝唑、氨苄西林

未确定病原菌以前，常选用广谱抗生素，通常为三代头孢联合应用甲硝唑，或者氨苄西林、氨基糖苷类联合应用甲硝唑，待细菌培养和药敏结果回报后选用敏感抗生素。

阿米巴肝脓肿临床上常选用硝基咪唑类药物，如甲硝唑、替硝唑等。

二、手术治疗

1、经腹切开引流术：适用于较大的单个脓肿，估计有穿破可能，或已经穿破胸腹腔；胆源性肝脓肿；位于肝左外叶脓肿，穿刺易污染腹腔；慢性肝脓肿。

2、肝叶切除术：病程长的慢性局限性厚壁脓肿，也可行肝叶切除或部分肝切除术。多发性小脓肿不宜行手术治疗，但对其中较大的脓肿，也可行切开引流。

三、中医治疗

中医药治疗肝脓肿作为一种辅助治疗，可以用于临床症状并不特别严重的肝脓肿。

四、其他治疗

经皮肝穿刺脓肿置管引流术：适用于脓肿直径在3-5cm的单个细菌性肝脓肿或药物治疗无效的阿米巴肝脓肿。在超声或CT引导下行穿刺抽尽脓液并冲洗，也可置管引流。