阵发性睡眠性血红蛋白尿症需要与再生障碍性贫血、缺铁性贫血、自身免疫性溶血相鉴别，以免耽误疾病治疗。

1、再生障碍性贫血：一般起病急、进展快，变成中少数可有非重型进展而来。患者一般都会表现为贫血、感染、出血等症状。一般需要通过血象、骨髓象、发病机制及其它相关检查进行确诊。

2、缺铁性贫血：多是由于需铁量增加而至铁摄入不足、铁吸收障碍、铁丢失过多等原因导致。患者多会表现为消化性溃疡、乏力、头晕、头痛、眼花、耳鸣、心悸、烦躁、易怒、注意力不集中、儿童生长发育迟缓、智力低下等症状。一般通过血象、骨髓象、铁代谢红细胞内卟啉代谢、血清转铁蛋白受体检测等进行确诊。

3、自身免疫性溶血：多为慢性血管外溶血，其变化慢，成年女性多见，以贫血、黄疸、脾大为特征。主要通过血象及骨髓象、抗人球蛋白试验、溶血相关的其他实验检查进行确诊。