先天性白内障患者可能会并发斜视、眼球震颤、先天性小眼球、视网膜和脉络膜病变、虹膜瞳孔扩大肌发育不良等疾病。

1、斜视：约一半以上的单眼白内障患者和不足一半的双眼白内障患者伴斜视。由于视力下降或双眼视力不平衡，会逐渐造成斜视。此外，先天性白内障的患眼可有某些解剖异常(如小眼球)和某些眼内的疾病，也可导致斜视且逐渐加重。某些系统性疾患可为先天性白内障合并斜视，如Lowe综合征，Stickler综合征，新生儿溶血症及某些染色体异常综合征。

2、眼球震颤：因先天性白内障视力受影响，会出现眼球震颤，在白内障术后可减轻甚至消失。若术后仍不缓解，则会影响视力恢复。先天性白内障伴眼球震颤还可见于某些系统疾病，如下颌一眼一面一头颅发育异常综合征。

3、先天性小眼球：先天性白内障合并先天性小眼球的思者，视力恢复不太理想，即便是在白内障术后，视力恢复亦有限。先天性小眼球的存在大多与遗传有关。除小眼球外，还可合并某些眼内组织(如虹膜、脉络膜)缺损。先天性白内障合并小眼球者，还可见于某些系统病，如Norrie病，Gruber病以及某些染色体畸变综合征。

4、视网膜和脉络膜病变：有少数先天性白内障思者可合并近视性脉络膜视网膜病变、毯样视网膜变性、Leber先天性黑朦，以及黄斑营养不良。

5、虹膜瞳孔扩大肌发育不良：滴扩瞳剂后瞳孔不易扩大，因此给白内障患者的检查和手术带来一定的困难。