原发性非调节性内斜视需要与生理性婴儿型内斜视、假性内斜视、婴幼儿调节性内斜视、知觉性内斜视等疾病进行鉴别。

1、生理性婴儿型内斜视：生理情况下，婴儿在生后数周内眼位常不稳定，可存在内斜视，很少呈正常位置。随着视觉系统的发育，至生后3个月，多数婴儿眼位恢复正常。所以，原发性婴儿型内斜视直到4月龄才能做出明确诊断。

2、假性内斜视：婴幼儿因疑有内斜视而就诊者，最常见的是假性内斜视。引起假性内斜视的原因有鼻梁宽、内眦赘皮和瞳孔间距窄，应与真性内斜视相鉴别，尤其要注意有无小度数内斜视。可用角膜映光法和遮盖-去遮盖法试验进行鉴别。

3、婴幼儿调节性内斜视：婴幼儿调节性内斜视常发生在6个月和7岁之间。起初斜视为间歇性，频率和持续时间不等，戴镜后好转。屈光性调节性内斜视的斜视角为25°-30°。

4、知觉性内斜视：属继发性内斜视，一眼视力下降，严重妨碍双眼单视，可以导致斜视，如视网膜母细胞瘤。患儿需散瞳后作眼底检查排除眼底病变。