巧克力囊肿一般需要进行妇科内诊、影像学检查、血液化验、腹腔镜检查等确定诊断。

1、妇科内诊：明确阴道内情况，子宫、双附件区情况，是否存在卵巢巧克力囊肿、囊肿大小、性质、位置等；

2、影像学检查：阴道和腹部B型超声检查是最简便易行的诊断方法。超声诊断巧克力囊肿的敏感性和特异性均较高，能明确囊肿位置、大小和形态，明确囊内有无乳头，提示囊性还是实性，与周围脏器特别是与子宫的关系等；

3、血液化验：常见显示出血清癌抗原125（CA125）和人附睾蛋白4（HE4），但两者的特异性和敏感性均局限，且与多种疾病有交叉阳性反应，因此不能单独用做诊断或鉴别诊断；

4、腹腔镜检查：腹腔镜检查是目前临床上诊断卵巢巧克力囊肿效果公认最好的方法，主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。