亚急性硬化性全脑炎尚无有效的治疗手段，临床上以对症药物治疗为主，常用药物包括抗生素、干扰素、异丙肌苷、三氮唑核苷等。

1、抗生素：用于缓解症状，治疗继发细菌感染。如苯妥英钠用于抗癫痫，对乙内酰脲类药有过敏史或阿斯综合征、Ⅱ-Ⅲ度房室阻滞，窦房结阻滞、窦性心动过缓等心功能损害者禁用；

2、干扰素：用于抗病毒治疗。妊娠、精神病史如严重抑郁症、未能控制的癫痫、未戒断的酗酒、吸毒者、未经控制的自身免疫性疾病、失代偿期肝硬化、有症状的心脏病者和甲状腺疾病、视网膜病、银屑病、既往抑郁症史，未控制的糖尿病、高血压禁用；

3、异丙肌苷：是一种免疫调节药物，用于抗病毒治疗。临床应用中未见明显不良反应，仅大剂量时偶有恶心，对症处理即可；

4、三氮唑核苷：用于抗病毒治疗。可与干扰素、异丙肌苷联合使用，为增强疗效可进行鞘内给药，对缓解清蒸者疗效尚可，而对全脑累及者基本无效。过敏者及孕妇禁用。

亚急性硬化性全脑炎早期经过及时治疗后，大部分患者能减轻症状，延长寿命，但治疗手段多以改善症状为主，并无明确的靶向药物治疗，预后不佳。