粪类圆线虫病需要与细菌性痢疾、溃疡性结肠炎、阿米巴痢疾、十二指肠溃疡相鉴别。

1、细菌性痢疾：有不洁饮食史、接触史，主要症状可有畏寒、发热，主要为腹痛、腹泻，每日大便数次至十余次不等。急性期病人多为黏液或黏液脓血便，量不多，有里急后重感。依赖于粪便培养出痢疾杆菌加以鉴别。

2、溃疡性结肠炎：主要有腹泻、血便、腹痛及肠外表现。在内镜检查时进行病理活检，这些对鉴别诊断和治疗后随访观察都很有意义。

3、阿米巴痢疾：阿米巴肠病潜伏期长短不一，1-2周至数月以上不等，常见症状为腹部不适、腹胀、腹痛、腹泻与便秘交替、黏液或脓血便、痢疾样大便可增至每日10-15次或以上，伴有里急后重。通过病原学检测，粪便中检出阿米巴病原体可鉴别。

4、十二指肠溃疡：主要临床表现为上腹部疼痛，可为钝痛、灼痛、胀痛或剧痛，也可表现为仅在饥饿时隐痛不适。临床上约有2/3的疼痛呈节律性，早餐后1-3小时开始出现上腹痛，如不服药或进食则要持续至午餐后才缓解，食后2-4小时又痛，进餐后可缓解，通过内镜检查可鉴别。