亚急性甲状腺炎需要与急性化脓性甲状腺炎、结节性甲状腺肿出血、桥本甲状腺炎和无痛性甲状腺炎相鉴别。

1、急性化脓性甲状腺炎：表现为甲状腺局部或邻近组织红、肿、热、痛，出现全身显著炎症反应，如白细胞明显升高等，临近或远处可发现感染部位，实验室检查可鉴别，如甲状腺功能、摄碘率、甲状腺自身抗体无异常。

2、结节性甲状腺肿出血：突然出血可伴有甲状腺疼痛、出血部位可扪及波动，但此类患者无全身症状，通过甲状腺超声可确诊。

3、桥本甲状腺炎：此类患者多数无甲状腺疼痛触痛、可存在短暂甲状腺功能亢进和摄碘率降低，自身抗体多成倍升高，但是一般无全身症状，彩超多可见网格状改变。

4、无痛性甲状腺炎：部分患者有轻、中度甲状腺肿，甲状腺功能及摄取率结果相似，但无全身症状和甲状腺疼痛，通过症状及表现可鉴别。