急性化脓性扁桃体炎需要与化脓性咽炎、樊尚咽峡炎、咽白喉、猩红热、扁桃体肿瘤鉴别。

1、化脓性咽炎：该病有类似的咽痛、高热等症状，体检检查病变部位在咽喉部，腭扁桃体未见明显化脓。

2、樊尚咽峡炎：该病有咽痛症状，一般病变侵袭一侧扁桃体，并且扁桃体上有灰色或黄色假膜，呈腐肉状，有臭味，检查可见梭形杆菌和樊尚螺旋体，而急性化脓性扁桃体炎一般是双侧扁桃体同时发病。

3、咽白喉：该病有咽痛，但咽痛较轻。检查可见白喉杆菌，呈流行性发作。

4、猩红热：突发咽痛、高热等症状，扁桃体充血肿胀，可见灰色或褐色假膜。检查可见链球菌、皮疹、杨梅舌，流行性发作。

5、扁桃体肿瘤：当一侧扁桃体迅速增大或扁桃体肿大并且有溃疡，均应考虑肿瘤的可能性，需要做活检确诊。