慢性蝶窦炎需要与慢性鼻炎、急性鼻窦炎、慢性额窦炎鉴别。

1、慢性鼻炎：慢性鼻炎是鼻黏膜及黏膜下层的慢性炎症，其主要特点是炎症持续3个月以上或反复发作，迁延不愈，间歇期亦不能恢复正常，且无明确的致病微生物，伴有不同程度的鼻塞，分泌物增多，鼻黏膜肿胀或增厚等。而慢性蝶窦炎的主要症状是持续性或间歇性头痛，可通过实验室检查找到致病的细菌。

2、急性鼻窦炎：是鼻窦黏膜的一种急性化脓性炎症，常继发于急性鼻炎，多由上呼吸道感染引起，细菌与病毒感染可同时并发。所有人群均易发生急性鼻窦炎，低龄、年老体弱者更多见。通常慢性蝶窦炎继发于急性蝶窦炎，发病人群无明显分布规律，常有脓涕和鼻涕带血的症状出现。

3、慢性额窦炎：急性额窦炎发病30天后仍有炎症迁延者，称为慢性额窦炎，常在一定条件下急性发作，并常伴有慢性筛窦炎。慢性蝶窦炎是由于急性蝶窦炎迁延不愈或未及时治疗引起，主要症状为头痛、流脓擤鼻涕，可以与慢性额窦炎相鉴别。