咽峡炎需要与疱疹性口炎、溃疡性口腔炎、麻疹、水痘鉴别。

1、疱疹性口炎：疱疹可发生于口腔黏膜任何部位，但常见于齿龈和颊黏膜，亦可同时累及唇及口周皮肤。累及皮肤者可先有红斑，而后出现成簇小水疱，壁薄、透明，周围有红晕。初起时发痒，继而有痛感。水疱不久溃破，形成浅表溃疡，溃疡形状不一，上面有黄白色的膜样渗出物。

2、溃疡性口腔炎：病初口腔黏膜广泛充血、水肿，黏液增多，继之表现为大小不等、界限清楚的糜烂，可融合成大片并有纤维素渗出，形成的伪膜呈灰白色或浅黄色，擦去伪膜呈出血性糜烂面。

3、麻疹：病程早期出疹前可见口腔黏膜斑，常见于颊黏膜近臼齿处，下唇内侧面与牙龈之间，软腭及咽弓等处黏膜，外有红色晕圈，后可累及整个颊黏膜并蔓延至唇部黏膜，黏膜斑在皮疹出现后即逐渐消失。

4、水痘：其感染所致疱疹可见于口腔任何部位，口腔黏膜也可看到水疱破溃后形成的溃疡，常有疼痛。