膜增生性肾小球肾炎需要与乙型肝炎病毒相关性肾炎、狼疮性肾炎、紫癜性肾炎、糖尿病肾病鉴别。

1、乙型肝炎病毒相关性肾炎：患者明确乙型肝炎病史，临床表现为蛋白尿或肾病综合征表现。血清HBV抗原阳性，除外其他继发性肾小球肾炎，肾活检组织中检测到HBV抗原可明确诊断。

2、狼疮性肾炎：生育年龄女性多见，常有发热皮疹、关节痛等多系统受损表现，血清抗核抗体抗ds-DNA抗体、抗SM抗体阳性，补体C3下降，肾活检免疫病理呈“满堂亮"，两者可通过病理活检诊断和鉴别。

3、紫癜性肾炎：过敏性紫瘢引起的肾损害，青少年多见。临床表现除有皮肤紫癜、关节肿痛、腹痛、黑便外，多在皮肤紫癜出现后1-4周出现血尿和(或)蛋白尿。肾活检常见病理改变为弥漫系膜增生，免疫病理以IgA为主要沉积物，可诊断和鉴别。

4、糖尿病肾病：多发于10年以上的糖尿病患者，尿蛋白从早期尿微量白蛋白排泄率增加，可逐渐进展为肾病综合征，眼底检查有微血管病变。肾活检提示肾小球基底膜增厚和系膜基质增生，典型损害为K-W结节形成，可诊断和鉴别。