肺炎衣原体感染的并发症有中耳炎、脑炎、格兰-巴利综合征。

1、中耳炎：少数肺炎衣原体感染可以引起咽喉炎，咽部鼻部的炎症向咽鼓管蔓延，咽鼓管及管腔黏膜出现充血、肿胀，纤毛运动发生障碍，致病菌侵入到中耳引起中耳炎。主要表现为耳痛、流脓、鼓膜穿孔、听力下降等。

2、脑炎：多见于婴幼儿，若肺炎衣原体感染早期不能有效控制，上行感染引起脑炎。主要表现为高热、呕吐、昏迷、惊厥等症状，部分患者脑脊液检查可培养出肺炎衣原体，重症患者可有呼吸衰竭、急性肾衰竭，甚至死亡。

3、格兰-巴利综合征：又称急性感染性多发性神经根神经炎，是由病毒感染或其他原因导致的一种自身免疫性疾病，极少数重症肺炎衣原体感染病人可出现。主要病理改变为周围神经系统的广泛性炎性脱髓鞘，临床以四肢对称性弛缓性瘫痪为其主要表现。