生殖器念珠菌病的治疗原则是消除诱因，根据患者情况选择局部或全身应用抗真菌药物。主要包括药物治疗、其他治疗。

一、药物治疗

常见药物：咪康唑、制霉菌素、氟康唑等

1、咪康唑：咪康唑为局部短疗程抗真菌药物，用其栓剂放于阴道内而发挥杀菌作用。常见的不良反应有皮疹、发红、水疱等。

2、制霉菌素：制霉菌素是一种抗真菌药，疗效差于唑类药物，用其栓剂塞入阴道深部发挥杀菌作用。常见不良反应有过敏性接触性皮炎。

3、氟康唑：氟康唑是一种广谱抗真菌药，对于不能耐受局部用药者、未婚妇女及不愿意采用局部用药者，可选用口服氟康唑达到杀菌作用。常见不良反应有消化道反应，表现为恶性、呕吐、腹痛或腹泻。

二、其他治疗

妊娠合并生殖器念珠菌病：阴道局部应用咪唑类(克霉唑或咪康唑)，持续7日。