非淋菌性尿道炎的治疗主要为用药，常见药物有克拉霉素、阿奇霉素、氧氟沙星、强力霉素。

1、克拉霉素：该药抗菌作用广泛，用于沙眼依原体所导致的生殖泌尿系的感染，过敏者禁用。

2、阿奇霉素：对于非典型病原体比如支原体、衣原体所致的非淋菌性尿道炎有效果，但禁用于有胃肠道慢性损害、心律失常的老年患者。

3、氧氟沙星：有广谱抗菌作用，抗菌作用强，对多数肠杆菌科细菌有作用，适用于泌尿生殖系统感染。对喹诺酮类抗菌药有过敏病史者、孕妇及哺乳期妇女、儿童禁用。

4、强力霉素：用于治疗衣原体支原体感染，8岁以下小儿及孕妇、哺乳妇女禁用。

非淋菌性尿道炎患者一般经抗生素药物治疗后可缓解不适，并逐渐痊愈，预后良好，不会对正常生理活动造成影响。少数病情得不到控制的患者交叉感染，迁延不愈。