怀孕三个月的孕妇感染了外阴阴道假丝酵母菌病能否选择药物进行治疗，要根据个人体质以及具体症状进行综合判定。若本身身体素质较佳且没有严重不良症状不建议私自盲目服用药物，如果患者有严重不良症状建议遵医嘱使用药物进行治疗。

1、不建议私自盲目服用药物：如果患者本身身体素质较佳，且无明显的不适症状，不建议私自盲目服用药物，以免对胎儿的正常生长发育造成不良影响。

2、建议遵医嘱服用药物：如果患者本身身体素质较差且并发有瘙痒、异味、出血等明显的不适症状建议要在主治医生的指导下选择克霉唑阴道片、硝酸咪康唑栓等药物进行治疗。

需要注意的是，孕妇在治疗期间建议要减少甜食与水果的摄入，还要保持外阴清洁卫生、减少性生活的频率，并定期进行B超检查，如有异常尽快去医院就诊。