小三阳患者是否能办理食品健康许可证需根据具体情况判断，食品健康证一般用于筛查传染性疾病，以防止交叉感染，办理该证时，需监测肝脏功能。

1、可以办理：如果小三阳患者经过正规治疗后疾病好转，且处于平稳期，乙肝病毒持续阴性，不具有传染性或传染性很低，可以办理食品健康许可证；

5、不可办理：如果小三阳患者处于疾病活动期，即病毒发生变异，病毒DNA仍然呈阳性。此时体内可能存在一定病毒，且病毒在不断复制，具有一定传染性。在这种情况下，不可办理食品健康许可证，以避免制作或售卖食品时引发交叉感染。

因此对于小三阳患者，需要及时到医院就诊，在医生的指导下进行针对性治疗，以免延误病情，进而加大后续的治疗难度。同时要多注意休息，保证充足的睡眠，保持营养均衡。