部分情况下，如果梅毒晚期的患者积极治疗，可能将梅毒螺旋体完全清除。但对于已经受损的器官、组织，其形态结构和功能可能无法恢复正常。

梅毒是一种传染性疾病，其主要的病原体是梅毒螺旋体。梅毒螺旋体可以通过性传播、母婴传播、血液传播等方式感染人体，从而使机体患有梅毒。梅毒晚期在临床指的是三期梅毒，患者可能会出现结节性梅毒疹、梅毒性树胶肿等症状，由于此时期体内的梅毒螺旋体经过不断繁殖，数量较多，所以可能会蔓延到机体的其他器官，容易导致内脏受损。

患者在积极进行抗病毒治疗后，可能有机会将体内的致病物质全部清除，但梅毒螺旋体对器官造成的损伤已经无法修复，所以器官的功能或结构可能依然是被损坏的状态。因此，如果在早期发现梅毒，应及时进行治疗。在治疗期间应密切观察病情，以便及时调整治疗方案。