在临床上，并没有治疗巧克力囊肿的特效药，巧克力囊肿是由于卵巢内异位的子宫内膜导致，也被称为子宫内膜异位症，需要遵医嘱通过药物治疗或手术治疗进行改善。

1、药物治疗：并没有特效药物，而是通常对症处理，以延缓囊肿的增长速度，比较常见的药物有孕三烯酮胶囊、达那唑胶囊等，如果出现比较明显的痛经，可遵医嘱口服布洛芬缓释胶囊缓解。

2、手术治疗：对于符合手术指征的患者，即囊肿大小超过6cm，则需要进行手术治疗，对于仍有生育要求的患者而言，可以保留生育功能，以腹腔镜手术为主，属于比较有效的方法。

对于巧克力囊肿的出现，临床并没有定论。除了上述治疗，如果患者想要一直保守处理，也可以到正规的中医科就诊，中医师会根据个人的身体情况进行活血化瘀的中药方剂治疗，也有比较好的效果。