巧克力囊肿属于卵巢囊肿的一种表现，根治的方法包括开腹手术以及腹腔镜手术等。建议患者及时前往医院妇科就诊，由医生根据患者的具体情况选择合适的手术方式，从而获得较好的治疗效果。

1、开腹手术：主要是在腹部进行切开，将卵巢囊肿暴露，并且直接切除，治疗效果比较理想，花费较低。但这种手术造成的创伤相对比较大，患者的恢复时间相对比较长。

2、腹腔镜手术：通过这种手术，可以在患者的腹部打孔，然后通过腹腔镜将囊肿切除，由于损伤相对比较小，所以术后患者恢复比较快。但这种手术的花费相对比较高。

另外，此类患者也可以考虑通过服用药物改善病情，比如病情较轻的情况下，可以在医生指导下使用醋酸甲羟孕酮片、醋酸甲地孕酮片等药物治疗。日常需要做好饮食、生活护理，加速疾病恢复。