巧克力囊肿多采用手术或手术与药物联合应用的方法，以减少疾病复发。具体治疗措施，建议前往医院妇科就诊，由医生明确具体方案。

1、手术：治疗的目的是切除病灶、恢复解剖。腹腔镜手术是首选的手术方法，目前认为腹腔镜确诊、手术+药物为内异症的金标准治疗。手术方式有保留生育功能手术、保留卵巢功能手术、根治性手术。医生可根据病情、症状等，选择合适的手术方法进行治疗，如保留生育功能手术，对于适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者；

2、与药物联合：可以抑制卵巢功能，阻止内异症的发展。可遵医嘱使用非甾体类抗炎药，如布洛芬，通过抑制前列腺素的合成，减轻疼痛；或口服避孕药，如复方炔诺酮片，可以降低垂体促性腺激素水平，并直接作用于子宫内膜和异位内膜，导致内膜萎缩和经量减少；或口服唯散宁片治疗；当然还可以使用促性腺激素释放激素激动剂治疗。

巧克力囊肿病因可能与经血逆流、遗传等因素有关，可出现痛经、性交痛、月经异常等症状，影响日常生活，建议及时治疗。