三个月的宝宝发生肠炎，可以吃抗菌药物、止泻药物以及益生菌制剂等，具体内容如下：

1、抗菌药物：肠炎大多是由于饮食不洁引起，常用的抗生素有阿莫西林颗粒等，还可以选择阿奇霉素干混悬剂等，可以控制炎症，缓解症状；

2、止泻药物：宝宝肠炎可能会出现腹泻，可以遵医嘱使用蒙脱石散进行止泻，蒙脱石散通过在肠道内形成一层保护膜，发挥作用，能改善黏膜屏障，缓解腹泻症状；

3、益生菌制剂：宝宝肠炎会导致胃肠道菌群失调，可以在医生的指导下服用益生菌制剂调节胃肠道菌群，如枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散、布拉氏酵母菌散等。

除此以外，如果腹泻比较严重，还要遵医嘱服用口服补液盐补充电解质和水分，注意腹部保暖。