新生儿尿道下裂原因尚不明确。各种影响胎儿尿生殖褶融合的因素均可导致尿道下裂，其特征性缺陷可能是一个或多个因素作用的结果，包括胚胎发生异常、基因遗传因素、激素和环境干扰物的影响等。

1、胚胎发生异常：正常外生殖器在胚胎的第12周完成。从第 7、8 周开始向男性或女性分化，至第10周时可分辨胚胎的外生殖器性别。外生殖器形成过程中，尿生殖窦的下端伸入阴茎并开口于尿道沟，之后尿道沟两侧的尿生殖褶由近端逐渐向远端融合，尿道外口移到阴茎头冠状沟部。在胚胎期由于内分泌异常或其他原因导致尿道沟融合不全时，即形成尿道下裂；

2、基因遗传因素：本病发病具有明显的家族聚集倾向，为多基因遗传。20%-25%的临床病例中有遗传因素。尿道下裂患儿的兄弟患尿道下裂的概率是正常人的10倍；

3、激素和环境干扰物的影响：尿道下裂可能是内分泌系统紊乱的局部畸形表现，是雄激素和雌激素的平衡紊乱所致。

新生儿患有尿道下裂，应及时遵医嘱进行治疗，通过尿道成形术等方法进行矫正。