男性生殖畸形常见的是阴茎畸形和睾丸畸形，需要做的检查主要如下：

一、阴茎畸形：

1、生殖器检查：检查外生殖器，测量阴茎长度和周径，睾丸位置、大小及质地。

2、影像学检查：主要检查有无下丘脑和垂体畸形。

3、实验室检查：主要检查染色体核型和性腺激素，确定病变位置。

二、睾丸畸形：

1、一般检查：检查阴茎发育、体重、血压、脉搏等。

2、局部检查：阴囊空虚，腹股沟区能否扪及睾丸，有无腹股沟疝。

3、全身检查：腹部和肺部情况，有无其他畸形。

4、B超：有助于腹股沟内睾丸的定位，但难以辨别腹腔内睾丸。

5、CT检查：有助于腹股沟管或腹腔内睾丸的定位，但结果仅作为参考。

6、放射性核素检查：放射性核素标记HCG与睾丸LH/HCG受体结合，γ射线照相扫描可显示睾丸所在。

7、选择性精索内静脉或动脉造影：用于临床难以触及超声未发现的隐睾。

8、腹腔镜检查：对于上述检查仍不能确定者，腹腔镜可达到80%以上的诊断率。