由于男性生殖器畸形的种类不同，故而男性生殖器畸形的治疗需要根据疾病类型，进行针对性治疗。

一、家庭处理：

包皮过长能上翻者可经常清洗包皮，保持包皮腔内卫生清洁，预防感染。对小儿的包茎可扩大包皮口，将包皮反复上翻并复位，以利阴茎头外露。

二、到院治疗

1、包茎和包皮过长治疗：对成人的包茎则需行包皮环切术。对包皮嵌顿须紧急施行手法复位，必要时做包皮背侧切开。

2、隐匿性阴茎治疗：非手术治疗包括凡包皮能上翻显露阴茎头者可不必手术，因部分患者可随年龄增大而好转，尤其在减肥后更明显。手术治疗应做到显露阴茎头，切除肉膜层纤维索带，阴茎根部皮肤必须与阴茎白膜或耻骨骨膜固定。避免损伤海绵体、阴茎神经及血管，切忌做简单的包皮环切术。手术时机以学龄前或更大者为宜。

3、小阴茎治疗：对促性腺激素分泌不足者，常用与促黄体生成素、促卵泡生成素有类似功能的人绒毛膜促性腺激素治疗。如注射用绒促性素，对下丘脑功能异常患儿，可予促性腺激素释放激素类似物治疗，效果良好。对性腺功能异常者，可用睾酮替代治疗，如甲睾酮。内分泌治疗无效者，可能为雄激素受体异常，坚持做男性者可行阴茎再造术、假体植入术，但多数还是做变性手术。

4、无睾症：单侧无睾一般无需治疗。双侧睾丸缺如无法恢复生育能力，但为保持男子性征，可在青春期进行雄激素替代治疗，药物治疗可采用安雄、睾酮。

5、多睾症：多睾症一般无需治疗。如有萎缩、恶变等病理情况时，应切除多余睾丸。

6、隐睾症：隐睾一经诊断，应尽早治疗。生后6个月，如睾丸仍未降至阴囊内，则自行下降至阴囊内的机会极小，不可盲目等待，应采取积极的治疗。