门静脉血栓形成多由疾病因素导致，且以消化系统疾病为多见，但并非只局限于消化系统疾病，具体有以下原因：

一、疾病因素：

1、肝硬化门静脉高压症：是门静脉血栓形成最常见原因。若合并有门静脉内膜慢性炎症或硬化，易于血栓形成。在晚期肝硬化病人中，血清组织因子途径抑制物的降低亦有助于血栓形成。

2、肝硬化：门静脉血栓形成是肝硬化患者常见且严重的并发症，也是非肝硬化门静脉高压症的重要原因。研究报道肝硬化代偿期门静脉血栓形成的发生率为0.6%~26%，等待肝移植的患者中门静脉血栓形成的患病率高达5%~26%，进展为肝癌的肝硬化患者发病率约3５%，而一般人群的风险＜１%。随着对门静脉血栓形成认识的不断提高，其检出率呈增高趋势。

3、腹腔内感染：腹腔内感染如阑尾炎、肝脓肿、憩室炎、炎症性肠病、胆道感染、胰腺炎以及各种原因所致的腹膜炎等，往往在感染后8个月内发生门静脉血栓。脐静脉插管输液、脐静脉炎也是新生儿门静脉血栓形成的原因。

4、先天性门静脉畸形：门静脉先天性狭窄、闭锁或静脉内海绵窦样改变，都可造成血栓形成。

5、原发性门静脉系统血栓形成：少数病人无明确病因而发生门静脉血栓形成，称为特发性或原因不明的血栓形成，但多数与血液的高凝状态有关。

二、非疾病因素：

1、妊娠和药物因素：女性口服避孕药、妊娠等会导致血液高凝状态，导致门静脉血栓形成。

2、手术后遗症：如脾切除术后、胆肠吻合术后、经颈静脉肝内门体分流后、肝移植术后、门静脉压迫等会导致门静脉血流量减少，门静脉压力下降，血流速度缓慢，加速了门静脉血栓的形成。