甲状舌管囊肿需要鉴别的疾病有异位甲状腺、皮样囊肿、颏下淋巴结炎等。

1、异位甲状腺：颈部肿物，颈部及胸骨后甲状腺肿产生明显压迫症状，气管受压易发生刺激性咳嗽症状，出现伴有呼吸困难的症状，压迫患者的喉返神经，患者声音嘶哑；胸骨或脊柱受压时胸部会产生闷胀感，更严重时会出现胸背疼痛。131I、B超以及穿刺活检有助于鉴别。

2、皮样囊肿：也位于颈中线先天囊肿，但皮样囊肿多与皮肤粘连，不随吞咽上下运动。

3、颏下淋巴结炎；颏下肿物，椭圆形或圆形，边界比较清楚，推挤时活动度小，不随吞咽上下运动。急性淋巴结炎有明显的疼痛感，呈持续性隐痛或胀痛，咀嚼或吞咽动作时疼痛加重，牙痛、口干等口腔面部症状等，经上述特征可与甲状舌骨囊肿鉴别。