小儿病毒性心肌炎需要与以下疾病进行鉴别：

1、风湿性心肌炎：单纯风湿性心肌炎病例与病毒性心肌炎难以区别。一般而言，病毒性心肌炎杂音不明显，较少发生心内膜炎，较多出现过早搏动等心律失常，实验室检查可发现病毒感染证据。

2、急性心包炎：是指各种原因引起的心包脏层和壁层的急性炎症，可单独存在或表现为全身疾病的一部分。主要表现心前区疼痛程度不一，可为钝痛或尖锐剧痛。婴儿无法诉说疼痛，多表现为烦躁不安，伴有炎症引起的全身反应如发热、乏力、食欲减退、多汗等。特征性的体征为心前区听到心包摩擦音，以胸骨左缘第3、4、5肋间最明显。

3、类风湿关节炎：主要表现为发热、关节疼痛、淋巴结、肝脾肿大、充血性皮疹等症状。累及心脏可有心肌酶谱增高，心电图异常。