颌骨囊肿的病因包括外来因素和内在因素，具体如下:

1、外来因素

（1）物理性因素：如热、损伤、紫外线、X线及其他放射性物质，以及长期慢性刺激等。

（2）化学性因素：如长期吸烟、饮酒等。

（3）生物性因素：如EB病毒、HPV可诱发囊肿的发生。

（4）营养因素：营养不良或营养过度，包括食谱、某些维生素及微量元素的变化均与囊肿的发生有一定关系。

2、内在因素

（1）神经精神因素：情绪紧张时，体内血液中的激素（皮质酮）水平明显增加；某些化合物之间的关系会发生改变；循环血液中白细胞的活力降低；体内免疫器官（胸腺、脾、淋巴结等）重量也降低。这些都会造成人体功能失调，可能给囊肿的发生发展提供有利因素。

（2）内分泌因素：内分泌失调对囊肿的发生和发展也有一定的关系。