低位肛瘘需要与肛门部化脓性汗腺炎、骶前畸胎瘤、克罗恩病进行鉴别。

1、肛门部化脓性汗腺炎：是一种皮肤及皮下组织的慢性炎性疾病。其病变范围广泛，常在肛门皮下形成许多漏道和外口，肿痛、流脓，周围皮肤质硬而呈黯褐色。主要区别点为漏管道表浅，位于皮下；肛管直肠内无内口与瘘管道相通。

2、骶前畸胎瘤：是胚胎发育异常的先天性疾病。多在青壮年时期发病。破溃后常在肛门尾骨间形成外口，肛内指诊可触及骶前有囊性肿块，而无内口。X线检查在骶骨和直肠之间有肿块,内有不定型的散在钙化阴影，可见骨质。

3、克罗恩病：是一种炎症性肠病。多伴有腹泻、腹痛、发热和体重减轻。伴有肛周病变时常有多个外口和内口，瘘道走行无规律，内口位置深浅不一，多不在齿线附近的肛隐窝。做胃镜、小肠镜、纤维结肠镜等全消化道检查可明确诊断。