阿米巴肝脓肿需要与细菌性肝脓肿、原发性肝癌、胆囊炎、胆石症等疾病鉴别。

1、细菌性肝脓肿：阿米巴性肝脓肿有阿米巴病史，起病缓慢，病程较长，肝脏肿大与压痛较显著，可有局部隆起，脓肿常为大型、单个，预后相对较好。细菌性肝脓肿常继败血症或腹部化脓性疾患后发生，起病急，毒血症状明显，肝脏肿大不明显，局部压痛亦较轻，一般无局部隆起，脓肿以小型、多个多见。肝穿刺、血象等可辅助鉴别。

2、原发性肝癌：临床表现酷似阿米巴肝脓肿，一般不发热，可有慢性肝炎或肝硬化病史，进行性消瘦，肝大质硬有结节，经AFP测定及影像学检查可明确诊断。

3、胆囊炎、胆石症：本病起病急骤，右上腹阵发性绞痛，急性发作时可有发热、寒战、恶心、呕吐、黄疸，右上腹局部性肌紧张，墨菲征阳性，可通过B超检查帮助确诊，本病B超可发现胆道结石或胆囊肿大。