真菌性食管炎需要与食管癌、冠心病、胸主动脉瘤等疾病进行鉴别。

1、食管癌：两者都会引起突然吞咽困难，食管癌通常会出现吞咽的哽咽感，随着肿瘤的进展，会出现恶病质、声音的嘶哑、体重下降，而真菌性食管炎一般不会引起这些表现，通过症状、病史和内镜的检查有助于鉴别。

2、冠心病：两者都会出现胸骨后的疼痛不适，但是冠心病通常会伴有胸闷、气短、心慌等伴随症状，通常多是由于劳累或情绪激动所诱发，持续时间多在几分钟左右或停止活动后症状缓解，而食管炎没有这些伴随的症状以及所诱发的因素，通过疼痛的性质，持续的时间以及缓解方式不难鉴别。

3、胸主动脉瘤：胸主动脉瘤也可引起胸痛、吞咽困难等表现，但是通常会伴有气急、咯血、声音的嘶哑，X线检查可以看到相应血管影的增大，CT或者核磁成像可以显示瘤样主动脉的扩张，通过影像学检查能鉴别。